Philippe GAMBETTE
Maître de conférences en informatique
Champs-sur-Marne
Bâtiment: Building: Copernic
5 boulevard Descartes Champs-sur-Marne 77454 Marne-la-Vallée Cedex 2
Bureau: Office: 4B100
Philippe GAMBETTE
Maître de conférences en informatique
Associate professor in Computer Science
Maitre de conférences en informatique, j'effectue mes recherches en algorithmique pour les humanités numériques et pour la bioinformatique au LIGM, Laboratoire d'informatique Gaspard-Monge.
Je donne la plupart de mes enseignements au département MMI, Métiers du multimédia et de l'internet, à l'IUT de Marne-la-Vallée, sur le site de Champs-sur-Marne. J'y enseigne le développement web en Javascript et les bases de données.
Je co-encadre avec Catherine Dominguès le doctorat de Chuanming Dong (ADEME, IGN) au LASTIG depuis octobre 2019. Je co-encadre avec Cyril Nicaud le doctorat d'Aaron Boussidan (Université Gustave Eiffel) au LIGM depuis septembre 2021.
Membre depuis février 2017 du conseil de la formation doctorale de la COMUE Paris-Est Sup, je suis aussi référent Égalité de Paris-Est Sup avec Bénédicte François, et chargé de mission « Science ouverte » pour la vice-présidence recherche de l'université Gustave Eiffel depuis mars 2021.
Mes dernières références
My latest references
Publications
From FreEM to D'AlemBERT: a Large Corpus and a Language Model for Early Modern French. Proceedings of the 13th Language Resources and Evaluation Conference, European Language Resources Association, Jun 2022, Marseille, France
Reordering a tree according to an order on its leaves. CPM 2022, Jun 2022, Prague, Czech Republic
Automatic Normalisation of Early Modern French. LREC 2022 - 13th Language Resources and Evaluation Conference, European Language Resources Association, Jun 2022, Marseille, France
⟨10.5281/zenodo.5865428⟩
Expanding the content model of annotationBlock. Next Gen TEI, 2021 - TEI Conference and Members’ Meeting, Oct 2021, Virtual, United States
Valoriser des corpus littéraires numériques avec Wikisource : de la recherche à la pédagogie. Lionel Barbe; Marta Severo. Wikipédia. Objet de médiation et de transmission des savoirs, Presses universitaires de Paris Nanterre, pp.159-176, 2021, Intelligences numériques, 9782840163886
Evaluating Hierarchical Clustering Methods for Corpora with Chronological Order. EADH2021: Interdisciplinary Perspectives on Data. Second International Conference of the European Association for Digital Humanities, EADH, Sep 2021, Krasnoyarsk, Russia
The Corpus for Idiolectal Research (CIDRE). Journal of Open Humanities Data, Ubiquity Press, 2021, 7, pp.15
⟨10.5334/johd.42⟩
The Corpus for Idiolectal Research (CIDRE). European Association of Digital Humanities Conference (EADH 2021), Sep 2021, Krasnoyarsk, Russia
Variation graphique dans les documents d'Ancien Régime : Nouvelles approches scriptométriques. Journée d’étude : « Pour une histoire de la langue ‘par en bas’: textes privés et variation des langues dans le passé », Sep 2021, Paris, France
Phylogenetic networks: how advanced are the methods?. Networks and Evolution Conference, Sep 2020, Paris, France
Normalisation of 16th and 17th century texts in French and geographical named entity recognition. ACM SIGSPATIAL GeoHumanities'20, ACM, Nov 2020, Seattle (virtual), United States. pp.28-34
⟨10.1145/3423337.3429437⟩
Counting phylogenetic networks of level 1 and 2. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2020, 81, pp.1357-1395
⟨10.1007/s00285-020-01543-5⟩
Marceline Desbordes-Valmore sur Wikisource : plus accessible, donc plus enseignée ?. J'écris pourtant, Société des études Marceline Desbordes-Valmore – SEMDV, 2019, 3, pp.153-156
Cutting an alignment with Ockham's razor. 2019
Ce que les données textuelles disent du pétitionnement en ligne : Entre contraintes et appropriations du dispositif. Questions de communication, Presses Universitaires de Nancy - Editions Universitaires de Lorraine, 2019, 36 (2019/2), pp.123-146
⟨10.4000/questionsdecommunication.21042⟩
Appeler à signer une pétition en ligne : caractéristiques linguistiques des appels. JADT 2018, Jun 2018, Rome, Italie. pp.68-75
Anatomie, animaux, vocabulaire de la vivisection : Construire des ressources lexicales pour visualiser une thématique dans un corpus littéraire. Gisèle Séginger. Animalhumanité - Expérimentation et fiction : l’animalité au cœur du vivant, LISAA, pp.223-231, 2018, Savoirs en Texte, 978-2-9566480-1-7
Gunawan, Anthony Labarre, Stéphane Vialette, Louxin Zhang. Solving the tree containment problem in linear time for nearly stable phylogenetic networks. Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2018, 246, pp.62-79
⟨10.1016/j.dam.2017.07.015⟩
Uprooted Phylogenetic Networks. Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2017, 79 (9), pp.2022-2048
⟨10.1007/s11538-017-0318-x⟩
On the challenge of reconstructing level-1 phylogenetic networks from triplets and clusters. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2017, 74 (7), pp.1729-1751
⟨10.1007/s00285-016-1068-3⟩
Corpus Biolographes version 1.0 : construire, analyser, cartographier. Colloque final du programme ANR/DFG Biolographes - Création littéraire et savoirs du vivant au XIXe siècle, Jan 2017, Paris, France
Rearrangement Moves on Rooted Phylogenetic Networks. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2017, 13 (8), pp.e1005611
⟨10.1371/journal.pcbi.1005611⟩
Development of an in silico method for the identification of subcomplexes involved in the biogenesis of multiprotein complexes in Saccharomyces cerevisiae. BMC Systems Biology, BioMed Central, 2017, 11 (67), pp.1-12
⟨10.1186/s12918-017-0442-0⟩
Trouver un arbre de gène dans le réseau des espèces : le labyrinthe du vivant !. Fête de la Science 2016 - UPEM, Oct 2016, Champs-sur-Marne, France
Une approche textométrique pour étudier la transmission des savoirs biologiques au XIXe siècle. Nouvelles perspectives en sciences sociales, Prise de parole (Ontario, Canada), 2016, 12 (1), pp.221-253
⟨10.7202/1038375ar⟩
Who is Who in Phylogenetic Networks: Articles, Authors and Programs. 2016
Analyser des pétitions en ligne : potentialités et limites d'un dispositif d'étude pluridisciplinaire. JADT 2016, Jun 2016, Nice, France. pp.772-781
Do branch lengths help to locate a tree in a phylogenetic network?. Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2016, 78 (9), pp.1773-1795
⟨10.1007/s11538-016-0199-4⟩
Gunawan, Anthony Labarre, Stéphane Vialette, Louxin Zhang. Solving the Tree Containment Problem for Genetically Stable Networks in Quadratic Time. IWOCA 2015, Oct 2015, Verona, Italy. pp.197-208
⟨10.1007/978-3-319-29516-9_17⟩
Gunawan, Anthony Labarre, Stéphane Vialette, Louxin Zhang. Locating a Tree in a Phylogenetic Network in Quadratic Time. RECOMB 2015, Apr 2015, Varsovie, Poland. pp.96-107
⟨10.1007/978-3-319-16706-0_12⟩
iPhocomp : calcul automatique de l’indice de complexité phonétique de Jakielski. JEP 2014, XXXè édition des Journées d'Etudes sur la Parole, Jun 2014, Le Mans, France. pp.622-630, 2014, Actes de la XXXe édition des Journées d'Etudes sur la Parole
Vers une approche semi-automatique pour la définition de motifs d'argumentation utilisés dans les résumés de projets scientifiques du domaine de la biodiversité. Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, Editions RNTI, 2014, Fouille de Données et Humanités Numériques, RNTI-SHS-2 (2), pp.47-80
(Nearly-)tight bounds on the contiguity and linearity of cographs. Theoretical Computer Science, Elsevier, 2014, 522, pp.1-12
⟨10.1016/j.tcs.2013.11.036⟩
L'affaire du Mediator au prisme de la textométrie. Texto ! Textes et Cultures, Institut Ferdinand de Saussure, 2013, XVIII (4), pp.3318.1-3318.9
Élaboration d'un outil d'évaluation des performances en dénomination pour les patients bilingues atteints de la maladie d'Alzheimer. Rééducation orthophonique, Ortho édition, 2013, 253, pp.143-152
Clust&See: A Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network clusters. BioSystems, Elsevier, 2013, 113 (2), pp.91-93
⟨10.1016/j.biosystems.2013.05.010⟩
Linear-time Constant-ratio Approximation Algorithm and Tight Bounds for the Contiguity of Cographs. Seventh International Workshop on Algorithms and Computation, Feb 2013, Kharagpur, India. pp.126-136
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Estimation de la neutralité culturelle d'un ensemble d'images destinées à l'évaluation des performances en dénomination. Fédération nationale des Orthophonistes. Colloque international "Perspectives neuropsycholinguistiques sur l'aphasie", Jun 2012, Toulouse, France. L'aphasie chez le bilingue, pp.1-6, 2013
On Encodings of Phylogenetic Networks of Bounded Level. Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2012, 65 (1), pp.157-180
⟨10.1007/s00285-011-0456-y⟩
Quartets and Unrooted Phylogenetic Networks. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, 2012, 10 (4), pp.1250004.1-1250004.23
⟨10.1142/S0219720012500047⟩
(Nearly-)Tight Bounds on the Linearity and Contiguity of Cographs. Bordeaux Graph Workshop, Nov 2012, France. pp.2
Longueur de branches et arbres de mots. Corpus, Bases, Corpus, Langage - UMR 7320, 2012, 11 (-), pp.129-146
Reconstruction combinatoire de réseaux phylogénétiques. Biosystema, Société Française de Systématique, 2011, 28, pp.85-92
Bootstrap clustering for graph partitioning. RAIRO - Operations Research, EDP Sciences, 2011, 45 (4), pp.339-352
⟨10.1051/ro/2012001⟩
ModClust: a Cytoscape plugin for modularity-based clustering of networks. MARAMI 2011, Oct 2011, Grenoble, France
Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques. Informatique [cs]. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2010. Français
Utilisation de la visualisation en nuage arboré pour l'analyse littéraire. JADT'10: 10th International Conference on statistical analysis of textual data, Jun 2010, Rome, Italie. pp.12
Utilisation de l'analyse textuelle automatique dans la recherche sur la maladie d'Alzheimer. Colloque international des jeunes chercheurs en Didactique des Langues et en Linguistique, Jun 2010, Grenoble, France
Densidées : calcul automatique de la densité des idées dans un corpus oral. RECITAL'2010 : 12ième Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues, Jul 2010, Montréal, Canada. pp.1-10
Unrestricted and complete Breadth-First Search of trapezoid graphs in O(n) time. Information Processing Letters, Elsevier, 2010, 110, pp.497-502
⟨10.1016/j.ipl.2010.03.015⟩
Visualising a Text with a Tree Cloud. IFCS'09: International Federation of Classification Societies Conference, Mar 2009, Dresde, Germany. pp.561-569
⟨10.1007/978-3-642-10745-0_61⟩
Efficient Neighbourhood Encoding for Interval Graphs and Permutation Graphs and O(n) Breadth-First Search. IWOCA'09: 20th International Workshop on Combinatorial Algorithms, Jun 2009, Hradec nad Moravicí, Czech Republic. pp.146-157
⟨10.1007/978-3-642-10217-2_17⟩
The Structure of Level-k Phylogenetic Networks. CPM: Combinatorial Pattern Matching, Jun 2009, Lille, France. pp.289-300
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Computing Galled Networks from Real Data. Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (12), pp.i85-i93
⟨10.1093/bioinformatics/btp217⟩
Improved Layout of Phylogenetic Networks. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2008, 5 (3), pp.472-479
⟨10.1109/tcbb.2007.1046⟩
On restrictions of balanced 2-interval graphs. 33rd International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science (WG'07), ?, Jun 2007, Dornburg, Germany. pp.55-65
⟨10.1007/978-3-540-74839-7_6⟩